Pemerintah Indonesia, termasuk pihak istana dan Menteri Pertahanan Sjafrie Sjamsoeddin, menolak untuk memberikan komentar lebih lanjut tentang permohonan uji formil Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2025 (UU 3/2025) yang mengenai perubahan kedua atas UU 34/2004 tentang Tentara Nasional Indonesia (UU TNI) ke Mahkamah Konstitusi (MK). Menurut Sjafrie, UU TNI yang direvisi dan disetujui di DPR sudah final setelah ditandatangani oleh Presiden RI Prabowo Subianto. Beliau menegaskan bahwa UU tersebut sudah berlaku dan bukan merupakan isu operasional atau politik.
Sjafrie juga menegaskan bahwa isu tentang UU TNI yang akan mengembalikan dwifungsi ABRI harus diabaikan, karena TNI telah bertransformasi dari ABRI setelah gerakan Reformasi 1998. Ia meyakinkan bahwa TNI tidak akan ikut campur dalam urusan sipil seperti yang dikhawatirkan oleh beberapa pihak terkait pengesahan UU TNI.
Menteri Sekretaris Negara (Mensesneg) Prasetyo Hadi juga mempertanyakan alasan mengapa UU TNI digugat ke MK, namun mengklaim bahwa segala permasalahan terkait polemik pengesahan UU TNI sudah terjawab dan tidak ada masalah yang belum terselesaikan. Meskipun demikian, pemerintah tetap menghormati langkah hukum yang diambil dengan menggugat UU TNI ke MK.
Gugatan terhadap UU TNI tersebut diajukan oleh dua mahasiswa asal Batam, Hidayatuddin dan Respati Hadinata, yang memberi kuasa kepada beberapa mahasiswa Fakultas Hukum untuk mewakilinya. Permohonan uji formil UU TNI ini diajukan pada tanggal 21 April 2025 dan telah didaftarkan dengan nomor perkara 58/PUU-XXIII/2025. Terdapat 19 poin tuntutan yang dilampirkan oleh pemohon dalam permohonan mereka, yang menunjukkan adanya ketidaksesuaian proses pembentukan UU 3/2025 dengan beberapa ketentuan hukum yang berlaku.
