Mutasi dan rotasi perwira tinggi di TNI merupakan proses yang panjang melalui Dewan Kepangkatan dan Jabatan Tinggi (Wanjakti), menurut Anggota Komisi I DPR, Mayjen TNI (purn) TB Hasanuddin. Ada pembangkangan yang disebutkan terjadi dalam mutasi ini. Ada keanehan yang terlihat dalam proses mutasi Letjen Kunto yang akhirnya dibatalkan, menurut TB Hasanuddin.
Proses mutasi pada level atas melibatkan serangkaian tahapan dari staf Pabanda hingga Panglima TNI. Pengamat kebijakan publik, Gigin Praginanto, mengatakan bahwa situasi saat ini membuat politik merasuki pimpinan TNI. Hal ini dapat berdampak besar, di mana kekuasaan lebih diprioritaskan daripada profesionalisme.
Gigin juga menyoroti bahwa dalam situasi yang sulit seperti ini, persenjataan lebih fokus pada negeri sendiri. Menyatakan bahwa memiliki persenjataan hebat menjadi tidak berguna jika digunakan dalam negeri. Hal ini menimbulkan pertanyaan akan keberadaan profesionalisme dan prioritas di dalam tubuh TNI.